Situé sur un plateau à 800 m d'altitude entouré de huit sommets, le premier monastère s'est développé pour devenir une ville, Kōya, possédant une université d'études religieuses et plus de cent temples offrant l'hospitalité aux nombreux pélerins et touristes.

Il est situé au centre de la péninsule Kii. En 2004, l'UNESCO a inscrit l'ensemble des temples des monts Kii, dont Kôya-san et des chemins de pèlerinage associés sur la liste du Patrimoine mondial de l'humanité.

Extraits de cette inscription;"Ces sites reflètent la fusion entre le shinto, enraciné dans l’antique tradition japonaise du culte de la nature, et le bouddhisme venu depuis la Chine et la péninsule coréenne s’implanter au Japon. Les sites (495,3 ha) et la forêt qui les entoure reflètent une tradition pérenne et extraordinairement bien documentée de sanctification des montagnes, vivante depuis 1200 ans. L’endroit, qui abonde en torrents, rivières et chutes d’eau, fait toujours partie de la culture vivante du Japon et accueille jusqu’à 15 millions de visiteurs par an, pèlerins ou randonneurs. Chacun des trois sites renferme des sanctuaires, dont certains remontent au IXe siècle."

L'okuno-in (奥の院) est un immense cimetière avec près de 200 000 pierres tombales de samouraïs, de personnalités et de gens ordinaires, sous une forêt de cèdres centenaires. Au cœur du cimetière se trouve le Tōrō-dō, le temple des lanternes. On pense que 2 flammes y ont brûlé sans interruption depuis un millier d'années.

A proximité du Tōrō-dō se trouve le Gobyo, le mausolée de Kûkai, devant lequel viennent se recueillir de nombreux fidèles.