Le terme shōgun (将軍), signifie « grand général », c'est la contraction de seiitaishōgun (征夷大将軍), qui veut dire « le grand général qui triomphe des sauvages ».

Néanmoins, après qu'il fut attribué à Minamoto Yoritomo, il devint un titre héréditaire de la lignée Minamoto, indiquant le dirigeant de facto du Japon (dictateur militaire), alors même que l'empereur restait le dirigeant de jure (en quelque sorte le gardien des traditions).

Seii Taishōgun de la période Heian (794-1185)

Il s'agit originellement d'un titre donné, au début de la période Heian, aux commandants militaires de rang princier pour la durée des campagnes contre les Emishi (蝦夷, peuple indigène qui refusa de se soumettre au pouvoir impérial). Le plus fameux de ces shoguns était Sakanoue no Tamuramaro (坂上田村麻呂) qui soumit les Emishi au nom de l'empereur Kammu (桓武, 桓武天皇). Plus tard dans l'époque Heian, une fois les Emishi intégrés ou confinés sur Hokkaidō (北海道), le terme Shōgun ne fut plus utilisé dans ce sens.

Cependant, plus tard dans l'époque Heian, un shogun supplémentaire fut désigné. Minamoto no Yoshinaka, après avoir trahi son clan et s'être rallié à l'empereur, fut proclamé par celui-ci Seii Taishōgun pendant la guerre de Gempei. Mais il fut très vite éliminé par son cousin éloigné Minamoto no Yoshitsune (frère de Minamoto no Yoritomo).

Shogunat Kamakura

Après la défaite du clan Taira durant la guerre de Gempei en 1185, Minamoto no Yoritomo prit le pouvoir à l'empereur et devint le dictateur et dirigeant du Japon. Il établit un système de gouvernement féodal basé à Kamakura (鎌倉), où les militaires et samourais prirent le pouvoir politique que détenait alors l'empereur et des aristocrates de sa cour à Kyōto.

En 1192, Yoritomo reçut le titre de Seii Taishōgun par l'empereur, et le système politique qu'il développa par la succession des différents shoguns devint connu sous le nom de bakufu (幕府) , ou shogunat. À partir de ce moment-là, tous les shoguns furent par tradition des descendants des princes Minamoto, les héritiers de l'empereur Seiwa, et le titre se transmit de génération en génération aux descendants les plus agés.

Restauration Kemmu

Pendant la restauration Kemmu (建武) , après la chute du Shogunat de Kamakura en 1333, un autre shogun surgit : Prince Moriyoshi (護良親王) (également connu sous le nom de Prince Morinaga), fils de l'empereur Go-Daigo (後醍醐, 後醍醐天皇) . Il reçut le titre de Seii Taishogun et la direction de l'armée. À cause de Ashikaga Takauji (足利尊氏) (qui sera plus tard le fondateur du shogunat Muromachi) en rébellion contre l'empereur, le prince Moriyoshi fut mis en arrestation et exécuté par Ashikaga Tadayoshi (足利直義), le frère cadet de Takauji.

Shogunats de Muromachi et Edo

En dehors de Minamoto no Yoritomo, dont le shogunat de Kamakura dura environ 150 ans, de 1192 à 1333, seuls Ashikaga Takauji et Tokugawa Ieyasu (徳川家康), tous deux descendants des princes Minamoto, reçurent le titre de Seii Taishōgun et établirent leur propre gouvernement militaire bakufu. Le shogunat Ashikaga dura de 1338 à 1573, tandis que le shogunat Tokugawa recouvrit la période de 1603 à 1868.

Les « shoguns transitoires » de 1568-1598 ne reçurent en réalité jamais le titre de Seii Taishōgun par l'empereur, et n'établirent pas de bakufu, mais obtinrent pendant une période donnée le contrôle de l'empereur et de la plus grande partie ou bien de l'ensemble du Japon.

Le titre de Seii Taishōgun fut aboli pendant la restauration Meiji en 1868, dans laquelle le pouvoir effectif fut « restauré » à l'empereur et ses délégués.

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